島原地域広域市町村圏組合は、大きくは事務局と消防本部に分かれています。
　事務局は、「総務課」「電算課」「介護保険課」の３つの課と、「広域クリーンセンター（総務課事業係）」という最終処分場施設があり、「不燃物処理」「広域電算」「介護保険」などの行政事務を行っています。
　消防本部は、本部に「総務課」「予防課」「警防課」「指令課」の４つの課と、「島原消防署」「南島原消防署」の２つの消防署、「北分署」「布津分署」「有馬分署」「口之津分署」の４つの分署があります。