対象区域の島原市・雲仙市（旧国見町と旧瑞穂町に限る）・南島原市で排出された不燃物ごみ処理の流れは、次の図のとおりです。
　家庭から出された家庭系一般廃棄物は構成市（一部事務組合含む。）が収集運搬し、オフィスや商店などの事業系一般廃棄物は自ら直接搬入するなどして島原リサイクルプラントへ持ち込みます。
　不燃物ごみの素材ごとに選別作業を行い製品化することを中間処理といいます。中間処理でできた製品はリサイクル専門業者へ引き取られ、再び市場に戻されます。
　中間処理してもなお残る残渣（ざんさ）は最終処分場で埋め立て処分されます。これを最終処分といいます。